La FPDS è nata a Bari nel febbraio 1977 come federazione di tre associazioni autonome di donatori (costituite poco prima nei Comuni di Bari, Bitonto e Conversano) per far fronte all'assoluta carenza di valida attività promozionale in tema di donazione di sangue nella maggior parte del territorio pugliese, per ciò stesso divenuto terreno fertile per un turpe mercato del sangue, specialmente in prossimità dei più grossi presidi ospedalieri.

I promotori dell'iniziativa si proposero quindi di sensibilizzare la collettività pugliese al dono del sangue attraverso lo sviluppo di una cultura finalizzata alla donazione volontaria, anonima, gratuita e periodica: non più, quindi, mutuo soccorso o atto sporadico e pietistico, ma gesto maturo e consapevole, frutto di un'accurata educazione socio-sanitaria e sentito come dovere civico da parte di ciascun cittadino.

Attualmente sono oltre 22.000 i donatori della FPDS (nel frattempo trasformatasi da federazione in associazione, e dal 1992 aderente alla FIDAS Nazionale), sparsi su tutto il teritorio regionale, e strutturati in 43 Sezioni.

Nel corso del 2019 le donazioni sono state 18.686.

Gli obiettivi che da sempre la FPDS persegue sono: la diffusione fra i cittadini pugliesi del concetto della solidarietà e la promozione di una donazione di sangue modernamente intesa, scevra da clientelismi, egoismi, pregiudizi infondati; la formazione e l'aggiornamento dei soci sui diversi aspetti (sociali, sanitari, giuridici) della donazione ed il loro coordinamento, in spirito di concreta collaborazione con il Servizio Trasfusionale pubblico; l'informazione sui vantaggi della medicina preventiva, unico reale vantaggio che i donatori debbano aspettarsi dal loro gesto, oltre l'intima soddisfazione di aver adempiuto ad un dovere civico di primaria importanza.

In relazione a tali finalità, l'Associazione ha ritenuto fin dal primo momento di privilegiare il rapporto con i giovani e con il mondo della scuola; ed a Bari, ad esempio, sono ogni anno circa mille gli studenti che si accostano per la prima volta alla donazione al termine delle campagne di sensibilizzazione condotte dalla Sezione cittadina della FPDS.

Una sintesi dell'impegno profuso in ambito scolastico si trova nel CD-ROM "Una goccia di sangue nel mare della vita", curato dalla stessa Sezione barese, che è a disposizione di quanti volessero richiederlo in sede.
Un'attestazione della validità di questo CD è venuta da parte dell'allora Ministro della Sanità, prof. Umberto Veronesi, che lo ha definito "un originale ed ottimo lavoro".

Insieme alle innumerevoli e multiformi iniziative promozionali realizzate dalle singole Sezioni, la FPDS è direttamente impegnata nella realizzazione di alcune manifestazioni destinate ad accrescere la visibilità dell'Associazione in ambito almeno regionale.